A diversa fisiografia dos territórios terrestre e marinho portugueses, que se estende desde a Europa continental até aos arquipélagos do Atlântico, promoveu a sua importância como repositório de biodiversidade ao longo dos ciclos glaciares do Pleistoceno, resultando numa notável diversidade de espécies e ecossistemas. No entanto, esta biodiversidade enfrenta ameaças decorrentes de atividades humanas, tais como as alterações climáticas, invasão de espécies, mudanças no uso do solo, exploração excessiva e (re)emergência de agentes patogénicos. A fim de promover a preservação e recuperação da biodiversidade, é crucial inventariar, caracterizar e estudar a biodiversidade a níveis inter e intraespecíficos, utilizando técnicas genómicas. Essa informação é essencial para informar políticas de conservação da biodiversidade, medidas de gestão e pesquisas futuras. A participação de investigadores de instituições portuguesas na iniciativa European Reference Genome Atlas (ERGA), e no projeto piloto para gerar genomas de referência para a biodiversidade europeia, promoveu a criação do Biogenoma Portugal. Esta rede institucional em desenvolvimento visa conectar a comunidade nacional de investigadores em genómica. Neste contexto, descrevemos a contribuição portuguesa para o projeto piloto do ERGA, que tem como objetivo gerar genomas de referência de alta qualidade de seis espécies de Portugal. Estas espécies são endémicas, icónicas e/ou ameaçadas e incluem plantas, insetos e vertebrados (peixes, aves e mamíferos) do território continental de Portugal e das ilhas dos Açores. Adicionalmente, delineamos os objetivos do Biogenoma Portugal que visa: (i) promover a colaboração científica, (ii) contribuir para a formação avançada, (iii) estimular a participação de instituições e investigadores baseados em Portugal em iniciativas internacionais de genómica da biodiversidade e (iv) contribuir para a transferência de conhecimento e envolvimento do público em geral na preservação da biodiversidade. Esta iniciativa fortalecerá a investigação em genómica da biodiversidade em Portugal e contribuirá para o objetivo do ERGA de gerar genomas de referência para espécies europeias. Estes esforços terão um papel fundamental na conservação da biodiversidade do país e na promoção da conscientização sobre a importância de preservar a diversidade biológica.