1)F. Pina-Martins, B. M. Vieira, S. G. Seabra, D. Batista, and O. S. Paulo, “4Pipe4 – A 454 data analysis pipeline for SNP detection in datasets with no reference sequence or strain information,” BMC Bioinformatics, vol. 17, no. 1, p. 41, Dec. 2016.

2)S. G. Seabra, P. G. Brás, J. Martins, R. Martins, N. Wyatt, J. Shirazi, M. T. Rebelo, J. C. Franco, C. Mateus, E. Figueiredo, and O. S. Paulo, “Phylogeographical patterns in Coenosia attenuata (Diptera: Muscidae): a widespread predator of insect species associated with greenhouse crops,” Biol. J. Linn. Soc., vol. 114, no. 2, pp. 308–326, Feb. 2015.

3) D. N. Silva, S. Duplessis, P. Talhinhas, H. Azinheira, O. S. O. S. Paulo, and D. Batista, “Genomic Patterns of Positive Selection at the Origin of Rust Fungi,” PLoS One, vol. 10, no. 12, p. e0143959, 2015.

4) A. S. Quina, C. Bastos-Silveira, M. Minarro, J. Ventura, R. Jimenez, O. S. Paulo, and M. da L. Mathias, “p53 gene discriminates two ecologically divergent sister species of pine voles,” Heredity (Edinb)., vol. 115, no. 5, pp. 444–451, 2015.

5) J. B. Pereira-Leal, I. a Abreu, C. S. Alabaça, M. H. Almeida, P. Almeida, T. Almeida, M. I. Amorim, S. Araújo, H. Azevedo, A. Badia, D. Batista, A. Bohn, T. Capote, I. Carrasquinho, I. Chaves, A. C. Coelho, M. M. Costa, R. Costa, A. Cravador, C. Egas, C. Faro,  a M. Fortes, A. S. Fortunato, M. J. Gaspar, S. Gonçalves, J. Graça, M. Horta, V. Inácio, J. M. Leitão, T. Lino-Neto, L. Marum, J. Matos, D. Mendonça, A. Miguel, C. M. Miguel, L. Morais-Cecílio, I. Neves, F. Nóbrega, M. M. Oliveira, R. Oliveira, M. S. Pais, J. a Paiva, O. S. Paulo, M. Pinheiro, J. a Raimundo, J. C. Ramalho, A. I. Ribeiro, T. Ribeiro, M. Rocheta,  a I. Rodrigues, J. C. Rodrigues, N. J. Saibo, T. E. Santo,  a M. Santos, P. Sá-Pereira, M. Sebastiana, F. Simões, R. S. Sobral, R. Tavares, R. Teixeira, C. Varela, M. M. Veloso, and C. P. Ricardo, “A comprehensive assessment of the transcriptome of cork oak (Quercus suber) through EST sequencing.,” BMC Genomics, vol. 15, no. 1, p. 371, May 2014.

6) K. R. Bradnam, J. N. Fass, A. Alexandrov, P. Baranay, M. Bechner, I. Birol, S. Boisvert, J. a Chapman, G. Chapuis, R. Chikhi, H. Chitsaz, W.-C. Chou, J. Corbeil, C. Del Fabbro, T. R. Docking, R. Durbin, D. Earl, S. Emrich, P. Fedotov, N. a Fonseca, G. Ganapathy, R. a Gibbs, S. Gnerre, E. Godzaridis, S. Goldstein, M. Haimel, G. Hall, D. Haussler, J. B. Hiatt, I. Y. Ho, J. Howard, M. Hunt, S. D. Jackman, D. B. Jaffe, E. Jarvis, H. Jiang, S. Kazakov, P. J. Kersey, J. O. Kitzman, J. R. Knight, S. Koren, T.-W. Lam, D. Lavenier, F. Laviolette, Y. Li, Z. Li, B. Liu, Y. Liu, R. Luo, I. Maccallum, M. D. Macmanes, N. Maillet, S. Melnikov, D. Naquin, Z. Ning, T. D. Otto, B. Paten, O. S. Paulo, A. M. Phillippy, F. Pina-Martins, M. Place, D. Przybylski, X. Qin, C. Qu, F. J. Ribeiro, S. Richards, D. S. Rokhsar, J. G. Ruby, S. Scalabrin, M. C. Schatz, D. C. Schwartz, A. Sergushichev, T. Sharpe, T. I. Shaw, J. Shendure, Y. Shi, J. T. Simpson, H. Song, F. Tsarev, F. Vezzi, R. Vicedomini, B. M. Vieira, J. Wang, K. C. Worley, S. Yin, S.-M. Yiu, J. Yuan, G. Zhang, H. Zhang, S. Zhou, and I. F. Korf, “Assemblathon 2: evaluating de novo methods of genome assembly in three vertebrate species.,” Gigascience, vol. 2, no. 1, p. 10, Jul. 2013.

7) V. L. Nunes, M. a Beaumont, R. K. Butlin, and O. S. Paulo, “Multiple approaches to detect outliers in a genome scan for selection in ocellated lizards (Lacerta lepida) along an environmental gradient.,” Mol. Ecol., vol. 20, no. 2, pp. 193–205, Jan. 2011.

8) O. S. Paulo, J. Pinheiro, A. Miraldo, M. W. Bruford, W. C. Jordan, and R. a. Nichols, “The role of vicariance vs. dispersal in shaping genetic patterns in ocellated lizard species in the western Mediterranean,” Mol. Ecol., vol. 17, no. 6, pp. 1535–1551, Mar. 2008.

9) O. S. Paulo, I. Pinto, M. W. Bruford, W. C. Jordan, and R. A. Nichols, “The double origin of Iberian peninsular chameleons,” Biol. J. Linn. Soc., vol. 75, no. 1, pp. 1–7, 2002.

10) O. S. Paulo, C. Dias, M. W. Bruford, W. C. Jordan, and R. A. Nichols, “The persistence of Pliocene populations through the Pleistocene climatic cycles: evidence from the phylogeography of an Iberian lizard,” Proc. R. Soc. London, Ser. B Biol. Sci., vol. 268, no. 1476, pp. 1625–1630, 2001.